11/11/2020 Persistance et évolution du SRAS-CoV-2 chez un hôte immunodéprimé

Document cité dans la vidéo du Professeur Raoult : Qui faut-il vacciner ?

Au rédacteur en chef :

Un homme de 45 ans atteint d'un syndrome sévère des antiphospholipides compliqué d'une hémorragie alvéolaire diffuse1, qui recevait un traitement anticoagulant, des glucocorticoïdes, du cyclophosphamide ainsi que du rituximab et de l'éculizumab par intermittence, a été admis à l'hôpital avec de la fièvre (Fig. S1 de l'annexe supplémentaire, disponible avec le texte intégral de cette lettre sur NEJM.org). Le jour 0, le Covid-19 a été diagnostiqué par un test de transcriptase inverse-polymérase-chaîne (RT-PCR) du SRAS-CoV-2 sur un échantillon d'écouvillon nasopharyngé, et le patient a reçu un traitement de 5 jours de remdesivir (Fig. S2). Les doses de glucocorticoïdes ont été augmentées en raison d'une suspicion d'hémorragie alvéolaire diffuse. Il est sorti de l'hôpital le cinquième jour sans avoir besoin d'oxygène supplémentaire.

Du jour 6 au jour 68, le patient est resté seul en quarantaine à son domicile, mais pendant la période de quarantaine, il a été hospitalisé trois fois pour des douleurs abdominales et une fois pour fatigue et dyspnée. Ces admissions ont été compliquées par une hypoxémie qui faisait craindre une hémorragie alvéolaire diffuse récurrente et qui a été traitée par des doses accrues de glucocorticoïdes. Les valeurs du seuil de cycle (Ct) de la RT-PCR du SRAS-CoV-2 sont passées à 37,8 le 39e jour, ce qui laisse supposer une résolution de l'infection (tableau S1).2,3

Le 72e jour (4 jours après une autre admission à l'hôpital pour hypoxémie), l'analyse RT-PCR d'un écouvillon nasopharyngé s'est révélée positive, avec une valeur Ct de 27,6, faisant craindre une récurrence du Covid-19. Le patient a de nouveau reçu du rémdesivir (un traitement de 10 jours), et les tests RT-PCR suivants se sont révélés négatifs.

Le jour 105, le patient a été admis pour une cellulite. Le 111e jour, une hypoxémie s'est développée, nécessitant finalement un traitement par oxygène à haut débit. Compte tenu du risque d'hémorragie alvéolaire diffuse récurrente, l'immunosuppression du patient a été augmentée (Fig. S1 à S3). Le jour 128, la valeur Ct de la RT-PCR était de 32,7, ce qui a fait craindre une seconde récidive de Covid-19, et le patient a reçu un autre traitement de 5 jours de remdesivir. Un test RT-PCR ultérieur s'est révélé négatif. Étant donné le déclin respiratoire continu et la crainte d'une hémorragie alvéolaire diffuse, le patient a été traité par immunoglobuline intraveineuse, cyclophosphamide intraveineux et ruxolitinib quotidien, en plus des glucocorticoïdes.

Au jour 143, la valeur Ct de la RT-PCR était de 15,6, ce qui a fait craindre une troisième récidive du Covid-19. Le patient a reçu un cocktail d'anticorps contre la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 (Regeneron).4 Le jour 150, il a subi une intubation endotrachéale en raison d'une hypoxémie. Le jour 151, un échantillon de lavage broncho-alvéolaire a révélé une valeur Ct de 15,8 pour la RT-PCR et a cultivé Aspergillus fumigatus. Le patient a reçu du remdesivir et des agents antifongiques. Le jour 154, il est décédé d'un choc et d'une insuffisance respiratoire.

Nous avons effectué des analyses quantitatives de la charge virale du SRAS-CoV-2 dans des échantillons respiratoires (nasopharyngés et expectorés) et dans le plasma, et les résultats ont concordé avec les valeurs de Ct de la RT-PCR, atteignant 8,9 log10 copies par millilitre (Fig. S2 et Tableau S1). Les études tissulaires ont montré que les niveaux d'ARN du SRAS-CoV-2 les plus élevés se trouvaient dans les poumons et la rate (figures S4 et S5).

Figure 1. Séquençage viral du génome entier du SRAS-CoV-2 à partir d'écouvillons nasopharyngés prélevés de façon longitudinale.

Nejm4

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Bina Choi, M.D.
Manish C. Choudhary, Ph.D.
James Regan, B.S.
Jeffrey A. Sparks, M.D.
Robert F. Padera, M.D., Ph.D.
Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA

Xueting Qiu, Ph.D.
Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, MA

Isaac H. Solomon, M.D., Ph.D.
Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA

Hsiao-Hsuan Kuo, Ph.D.
Julie Boucau, Ph.D.
Kathryn Bowman, M.D.
U. Das Adhikari, Ph.D.
Ragon Institute of MGH, MIT, and Harvard, Cambridge, MA

Marisa L. Winkler, M.D., Ph.D.
Alisa A. Mueller, M.D., Ph.D.
Tiffany Y.-T. Hsu, M.D., Ph.D.
Michaël Desjardins, M.D.
Lindsey R. Baden, M.D.
Brian T. Chan, M.D., M.P.H.
Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA

Bruce D. Walker, M.D.
Ragon Institute of MGH, MIT, and Harvard, Cambridge, MA

Mathias Lichterfeld, M.D., Ph.D.
Manfred Brigl, M.D.
Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA

Douglas S. Kwon, M.D., Ph.D.
Ragon Institute of MGH, MIT, and Harvard, Cambridge, MA

Sanjat Kanjilal, M.D., M.P.H.
Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA

Eugene T. Richardson, M.D., Ph.D.
Harvard Medical School, Boston, MA

A. Helena Jonsson, M.D., Ph.D.
Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA

Galit Alter, Ph.D.
Amy K. Barczak, M.D.
Ragon Institute of MGH, MIT and Harvard, Cambridge, MA

William P. Hanage, Ph.D.
Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, MA

Xu G. Yu, M.D.
Gaurav D. Gaiha, M.D., D.Phil.
Ragon Institute of MGH, MIT and Harvard, Cambridge, MA

Michael S. Seaman, Ph.D.
Beth Israel Deaconess Medical Center, Boston, MA

Manuela Cernadas, M.D.
Jonathan Z. Li, M.D.
Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA

Supported in part by the Massachusetts Consortium for Pathogen Readiness through grants from the Evergrande Fund; Mark, Lisa, and Enid Schwartz; the Harvard University Center for AIDS Research (NIAID 5P30AI060354); Brigham and Women’s Hospital; and a grant (1UL1TR001102) from the National Center for Advancing Translational Sciences to the Harvard Clinical and Translational Science Center.

Disclosure forms provided by the authors are available with the full text of this letter at NEJM.org.

This letter was published on November 11, 2020, at NEJM.org.

 

Drs. Choi and Choudhary and Drs. Cernadas and Li contributed equally to this letter.

 

Article original : Persistance et évolution du SRAS-CoV-2 chez un hôte immunodéprimé