30/03/2021 Mouvements et contre-mouvements pandémiques : vaccins et variantes virales

Document cité dans la vidéo du Professeur Raoult : Qui faut-il vacciner ?

Document original : Pandemic moves and countermoves: vaccines and viral variants

    Rogier W Sanders
    Menno D de Jong

Published:March 30, 2021DOI:https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)00730-3

Au cours des derniers mois, les résultats de plusieurs études de phase 3 montrant une grande efficacité des vaccins contre le SRAS-CoV-2, ainsi que l'approbation réglementaire et le déploiement rapides de plusieurs vaccins qui ont suivi, ont suscité beaucoup d'optimisme. Toutefois, cet optimisme a été tempéré par l'émergence de plusieurs nouvelles variantes du virus qui sont plus transmissibles et moins sensibles aux anticorps induits par le vaccin1,2,3,4,5,6.
La mesure dans laquelle les variantes émergentes affectent l'efficacité des vaccins semble varier considérablement entre les vaccins et les variantes. Dans The Lancet, Katherine Emary et ses collègues7 montrent que le vaccin Oxford-AstraZeneca ChAdOx1 nCoV-19 conserve une efficacité significative contre la variante B.1.1.7 originaire du Royaume-Uni8, bien que son efficacité soit probablement quelque peu réduite par rapport à celle contre la souche virale originale.
L'étude s'appuie sur les données émergentes de l'essai COV002 (NCT04400838), un essai de phase 2/3 en cours évaluant la sécurité et l'efficacité du vaccin ChAdOx1 nCoV-19 au Royaume-Uni. L'efficacité du vaccin contre le COVID-19 symptomatique confirmé par des tests virologiques a été précédemment rapportée à 70-4%.9 Pour l'analyse exploratoire actuelle, Emary et ses collègues ont exploité la co-circulation de la souche B.1.1.7 et de la souche originale au cours de l'essai pour évaluer l'efficacité contre chaque variante séparément. À partir d'une cohorte de 8 534 personnes âgées de 18 ans et plus (6 636 [78 %] âgées de 18 à 55 ans, 5 065 [59 %] femmes, 7 863 [92 %] Blancs), ils ont analysé les séquences virales de 311 participants qui ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 plus de 14 jours après avoir reçu deux doses du vaccin ChAdOx1 nCoV-19 ou un vaccin témoin conjugué contre le méningocoque. L'efficacité du vaccin contre l'infection symptomatique était de 70-4 % (IC 95 % 43-6 à 84-5) pour la variante B.1.1.7 et de 81-5 % (67-9 à 89-4) pour les autres variantes. Bien qu'elle soit basée sur un petit nombre de cas, une différence d'efficacité plus importante a été observée pour les infections par le SRAS-CoV-2 sans symptômes ou non signalées (28-9 % [-77-1 à 71-4] pour le variant B.1.1.7 et 69-7 % [33-0 à 86-3] pour les autres variants). Les niveaux et la durée de détection de l'ARN viral étaient plus faibles chez les participants ayant reçu le ChAdOx1 nCoV-19 que chez ceux ayant reçu le vaccin témoin, quelle que soit la souche virale infectante, mais les charges virales semblaient plus élevées chez les vaccinés ChAdOx1 nCoV-19 infectés par le variant B.1.1.7 que chez ceux infectés par les autres variants. Étant donné l'ampleur des IC de ces analyses exploratoires, aucune conclusion définitive ne peut être tirée quant à l'efficacité clinique précise contre la variante B.1.1.7 et, surtout, quant à la comparaison de cette efficacité avec celle contre les variantes circulantes originales. Cependant, les résultats indiquent une efficacité moindre, ce qui semble également cohérent avec la réduction de neuf fois de l'activité neutralisante contre le variant B.1.1.7 par rapport aux variants non-B.1.1.7 dans les échantillons de sérum des vaccinés de cette étude.

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Les variantes émergentes autres que B.1.1.7 suscitent de graves inquiétudes quant à la réduction potentielle de l'efficacité des vaccins.1 La mutation en épi Glu484Lys, présente dans les souches P.1 et B.1.351 originaires du Brésil et d'Afrique du Sud10,11 et dans plusieurs autres souches émergentes, n'a pas été observée dans les séquences analysées par Emary et ses collègues car elle ne circulait pas largement au Royaume-Uni au moment de l'analyse. La mutation Glu484Lys est particulièrement importante car elle réduit considérablement l'activité de neutralisation des anticorps monoclonaux et des échantillons de sérum provenant de personnes vaccinées ou infectées par des virus non variants.2,3,4,5 Le vaccin ChAdOx1 contre le nCoV-19 a été peu efficace lors d'un essai de phase 2 en Afrique du Sud, où les variants B.1.351 prédominent,6 ce qui pourrait laisser présager une nouvelle perte d'efficacité du vaccin lorsque les variants contenant Glu484Lys deviendront dominants. Fait important, des sous-lignées B.1.1.7 contenant la mutation Glu484Lys sont apparues au Royaume-Uni et ailleurs.
Les deux effets souhaitables des vaccins COVID-19 sont de prévenir la maladie grave pour réduire la mortalité et alléger la pression sur les systèmes de santé, et de prévenir l'infection et la transmission afin de stopper la pandémie. La plupart des vaccins utilisés semblent conserver une efficacité significative dans la prévention des maladies graves causées par certaines des souches émergentes. Cependant, la mesure dans laquelle la prévention de l'infection et de la propagation est affectée reçoit moins d'attention. À cet égard, la faible efficacité dans la prévention des infections asymptomatiques par la variante B.1.1.7 signalée par Emary et ses collègues pourrait être inquiétante, surtout si l'on tient compte des charges virales plus élevées observées chez ces vaccinés par rapport aux vaccinés infectés par d'autres variantes. L'infection et la réplication du virus en présence d'une immunité partielle pourraient entraîner une évolution vers l'échappement à l'immunité induite par le vaccin. Les réductions de l'efficacité du vaccin rendues possibles par la circulation de variantes préoccupantes pourraient donc faciliter l'émergence et la propagation de variantes progressivement résistantes, en particulier lorsque l'on retarde l'administration des deuxièmes doses de vaccin ou que l'on y renonce, ce qui pourrait avoir des conséquences sur le contrôle de la pandémie.12,13,14
En résumé, les premiers résultats rapportés par Emary et ses collègues suggèrent un degré significatif d'efficacité contre la variante B.1.1.7, ce qui est encourageant. Cependant, des données supplémentaires sont clairement nécessaires pour apprécier pleinement l'impact potentiel de cette variante et d'autres variantes préoccupantes sur l'efficacité actuelle et future du vaccin, et pour fournir des preuves concluantes qui éclaireront d'importantes projections et décisions politiques. L'étude COV002 est en cours et nous attendons avec impatience de nouvelles données pendant cette période d'inquiétude.

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